Česko-japonská společnost dlouhodobě spolupracuje s institucemi a organizacemi, které se podílejí na rozvoji česko-japonských vztahů, kulturní výměny a vzdělávání.
Velmi si vážíme jejich dlouhodobé podpory, odborné spolupráce a společných projektů.
Velvyslanectví Japonska v České republice Dlouhodobý partner ČJS při rozvoji kulturních a společenských vztahů mezi Českem a Japonskem.
The Japan Foundation Významný partner v oblasti japonské kultury, vzdělávání a výuky japonského jazyka.
Asociace učitelů japonštiny v ČR Partner ČJS v oblasti výuky japonštiny a vzdělávání učitelů.
Nihonjinkai – Sdružení Japonců žijících v ČR Dlouhodobý partner propojující ČJS s japonskou komunitou žijící v ČR.
Botanická zahrada hl. m. Prahy Dlouhodobý partner při pořádání kulturních akcí a prezentaci japonské kultury.
Průhonická botanická zahrada Partner ČJS při pořádání Japonských dnů a dalších aktivit spojených s japonskou kulturou.